El Instituto de Investigaciones Marinas y Costeras "José Benito Vives De Andreis" INVEMAR, cuenta con el Museo de Historia Natural Marina de Colombia – Makuriwa, registrado en el año 2001 (registro No.082) siguiendo la Resolución No. 1115 del 1 de noviembre de 2000 del entonces Ministerio de Ambiente, Vivienda y Desarrollo Territorial (MAVDT), hoy Ministerio de Ambiente y Desarrollo Sostenible (MinAmbiente).

Para llegar a Makuriwa se pasó por varias etapas previas. Podría decirse que comenzando en 1963, cuando los investigadores que tomaban muestras del medio marino en el antiguo Instituto Colombo Alemán de Investigaciones Tropicales (ICAL), precursor del INVEMAR, se empezaron a guardar los especímenes recolectados en sus campañas de investigación y a convertir estos preciados tesoros en colecciones individuales.  En 1974 se decidió la transformación del ICAL en el Proyecto Especial de Colciencias INVEMAR y con este la creación de la Colección de Referencia de Organismos Marinos (CROM), con el fin de reunir las colecciones individuales existentes.  A partir de ese momento, la CROM comenzó a crecer ordenadamente con los especímenes que dejaban los investigadores del Instituto, así como de otras entidades nacionales e internacionales.  En 1993, con la expedición de la Ley 99, el INVEMAR es reestructurado y vinculado al Ministerio de Ambiente y Desarrollo Sostenible (MinAmbiente), dándole un importante impulso al crecimiento de la CROM a través de las diferentes investigaciones científicas programadas en sus planes de acción para la exploración del mar Caribe, el archipiélago de San Andrés, Providencia y Santa Catalina y el océano Pacífico.  Los avances fueron tan rápido que en el año 2000, se crea el Museo de Historia Natural Marina de Colombia, adquiriendo nuevos compromisos y retos como los de fortalecer, conservar, investigar y difundir las colecciones biológicas allí depositadas.  La primera mitad de la década del 2000, los programas científicos de INVEMAR continuaron realizando expediciones de exploración del lecho marino, llegando a profundidades de casi un kilómetro.  Se llevaron a cabo exitosamente cinco expediciones, describiéndose más de 500 nuevos registros para Colombia y 20 nuevas especies para la ciencia, ayudando a consolidar en el INVEMAR, uno de los museos de colecciones biológicas marinas más importantes del continente.  A partir de la segunda mitad de la década del 2000, se realizó una segunda etapa de expediciones de exploración en asocio con la Agencia Nacional de Hidrocarburos (ANH), para seguir explorando el lecho marino más profundo (entre 1 y 4 km) y comenzar a conocer la comunidad planctónica oceánica en el primer kilómetro de profundidad. A la fecha se llevan siete expediciones y se ha expandido la distribución de ciento de especies.

Actualmente, Makuriwa ya está consolidado, cuenta con más de 4700 especies y más de 70.000 lotes de organismos marinos. Es el pionero en muchos campos, como las de exploraciones profundas, y cuenta con muchos investigadores reconocidos internacionalmente. A partir del año 2014, se han venido construyendo los lineamientos de educación y divulgación, así como una primera expedición para dar a conocer a los niños y jóvenes de varios departamentos de Colombia parte de la biodiversidad marina con el enfoque de "La vida como nunca te la imaginaste"